Tra i secoli III e IV si hanno i primi riscontri di vescovi di Faleri Novi. Nello stesso periodo nelle vicinanze sorgono le diocesi di Aqua- viva, Baccano, Forum Clodii, Manturanum, Nepi, Orte e Sutri a cui nell'VIII secolo si aggiunse la diocesi di Gallese.

Le sedi antiche vennero progressivamente abbandonate già all'i­nizio del Medioevo, mentre sopravvissero le quattro diocesi storiche di Nepi, Orte e Sutri e Civita Castellana, città in cui i vescovi di Faleri Novi si trasferirono nel 990. Il Medioevo vide la fioritura di numerosi monasteri, fra cui quello del monte Soratte di origine carolingia, l'ab­bazia territoriale di Sant'Andrea in Flumine, ai quali si aggiungeranno i monasteri cistercensi a partire dal XII secolo.

Il XIII secolo vide queste diocesi percorse da movimenti ereticali, come quelli dei patari e dei fraticelli. In questo clima la diocesi fu però terreno fertile anche per fondazioni francescane: per mano dello stesso santo di Assisi sorsero i conventi di Orte e di Civita Castellana.

Interessante il legame di queste diocesi con la vicina Sede apostoli­ca, a cui furono sempre immediatamente soggette. In seguito alla dona­zione di Sutri il territorio fu inserito nel Patrimonium Sancti Petri, il nucleo originario dello Stato Pontificio. Qui sorsero nell'VIII e nel IX secolo alcu­ne importanti domuscultae, fattorie fortificate per l'approvvigionamento di Roma. Nell'ultimo scorcio del IX secolo furono eletti due papi di Gal­lese: Marino I e Romano. Nel 1046 a Sutri si svolse un Concilio indetto dall'imperatore Enrico III, che pose fine allo scisma che vedeva opporsi tre rivali per il papato: vi fu eletto papa Clemente II. A Civita Castellana morì l'antipapa Clemente II (1100), ma nel XII secolo fu anche rifugio per Eugenio III, Adriano IV e Alessandro III. Tra il 1243 ed il 1244 Sutri fu per breve tempo sede papale, quando papa Innocenzo IV vi si stabilì per fuggire dall'imperatore Federico II, che egli aveva scomunicato.

A partire dal XIII secolo le diocesi si incamminano verso un pro­cesso di aggregazione, dettato dalla scarsezza delle rendite. Gallese fu assorbita dalla diocesi di Civita Castellana verso il 1285. Il 12 dicembre 1435 le diocesi di Nepi e di Sutri furono unite in persona episcopi con la bolla Romana ecclesia di papa Eugenio IV. Il 5 ottobre 1437 Civita Castel­lana fu unita pure in persona episcopi alla diocesi di Orte.

Nel 1523 la sede di Nepi fu conferita in amministrazione aposto­lica al vescovo di Viterbo Egidio Canisio, ma alla sua morte nel 1532 tornò ad essere amministrata dal vescovo di Sutri Jacopo Bongalli.

Quest'aggregazione gioverà alle diocesi, le cui cattedre erano am­bite per la vicinanza a Roma, che grazie ai ripetuti trasferimenti di ve­scovi diverranno tutte omogenee fra loro nell'impostazione pastorale e amministrativa, già prima che il Concilio di Trento desse uniformità alle diverse tradizioni diocesane. Il Concilio invece ebbe notevoli conseguen­ze imponendo ai vescovi l'obbligo della residenza. Fu vescovo di Nepi e Sutri fra il 1556 e il 1560 il futuro papa Pio V, uno dei massimi protagoni­sti della riforma cattolica post-tridentina. Già nel 1564 il vescovo Girola­mo Gallarati istituì a Sutri il seminario diocesano, che però fu costretto a chiudere due anni più tardi, per riaprire solo nel 1703.

Per breve tempo fu ristabilita la diocesi di Gallese, Girolamo Ga- rimberti ne fu eletto vescovo il 17 marzo 1563 da papa Pio IV, ma il suo successore Gabriele de Alexandris rinunciò alla diocesi il 16 settembre 1569 e papa Pio V soppresse nuovamente la diocesi incorporandone il territorio nella diocesi di Civita Castellana.

Nel Seicento furono celebrati importanti sinodi che incentrarono la vita della diocesi sulle confraternite, a cui erano affidati ampi compiti assistenziali e caritativi, e sugli ordini religiosi, fra i quali si confermò importante la presenza dei francescani.

Nel Settecento nelle diocesi di Civita Castellana e Orte si realizzò l'intensa opera di rinnovamento promossa dal vescovo Giovanni France­sco Tenderini (1717-1739), che sarà beatificato nel 1794. Questo rinnova­mento porterà anche all'apertura del seminario diocesano nel 1746, men­tre si andavano diffondendo anche scuole per l'educazione femminile. Fu verso la fine di questo secolo che sorse il più importante santuario mariano dell'odierna diocesi, quello di Santa Maria ad Rupes.

Durante il periodo napoleonico il vescovo di Civita Castellana e Orte Lorenzo De Dominicis accettò di sottoscrivere il giuramento, rifiutò invece il vescovo di Nepi e Sutri Camillo de Simeoni, che fu di conse­guenza imprigionato e deportato, mentre le sue diocesi furono soppresse e aggregate alle diocesi di Civita Castellana e Orte. A Nepi un'insurre­zione antifrancese fu repressa nel 1798 dall'incendio della città e dal sac­cheggio della cattedrale e del palazzo vescovile.

Il 20 dicembre 1805 la collegiata di Gallese riebbe il titolo di catte­drale e i vescovi di Civita Castellana e Orte aggiunsero il titolo di Gallese.

L'11 febbraio 1986 le diocesi di Nepi, di Sutri, di Orte e di Gallese furono unite in forma piena alla diocesi di Civita Castellana. Nel 1991 le diocesi accorpate a Civita Castellana furono dichiarate sedi titolari.